这问题现在的解决方案有两个：

1、在eclipse.ini中添加VM启动参数，制定eclipse启动使用的vm，修改后的文件内容如下
-showsplash
org.eclipse.platform
--launcher.XXMaxPermSize
256M
-vm
C:\Program Files\Java\jdk1.5.0_12\bin\javaw.exe
-vmargs
-Dosgi.requiredJavaVersion=1.5
-Xms40m
-Xmx512m

顺序一定要对

2、创建一快捷方式，起始目标为："D:\***\eclipse.exe" -vm "C:\***\Java\jdk1.6.0_03\bin\javaw.exe".

其实我感觉在ini文件中写绝对路径不是一种很好的方式，但是使用相对路径和环境变量%JAVA_HOME%却会找不到jdk，一旦我将eclipse移动到别的地方，这段ini还必须要重新配置下。