“力场”，请不要被“场”这个听起来像是十分高深的物理名词给吓坏了。 分子动力学模拟中使用的力场，包含两个重要的部分： 1）模拟粒子之间相互作用的方程（即经典力学的相互作用力方程如库仑定律，范德华作用方程等）。 2）方程的参数（即各个不同粒子，原子本身的参数，如带点量等等）。 可以想想，模计算机模拟好多成键或者不成键的粒子的运动，总要让它们互相推推拉拉吧，于是力场就是定义它们推推拉拉的方式（按照物理定律）。 力场类型，一般分类为三种： i）全原子力场：精确定义每一个原

进行分子动力学模拟，水分子十分重要，除非选择使用连续介质模型（implictit water model）。水分子模型较多，选择这些模型要结合使用的力场，并参考别人已经的数据。一下简单介绍几种常见的水分子模型，希望对了解它们有点帮助。 按照一般化学常识，水分子由三个原子构成，主要的参数应该有各个原子的质量，电量，氢氧键的长度以及H-O-H的键角。没有错，最简单的水分子模型就是这些参数都固定的刚性水分子模型。如SPC模型和

aminoacids.dat 该文件保存GMX默认的蛋白质和核算的默认残基名称。如果计算过程要建立一个新的蛋白质或者核算残基，可以将新的残基名称加到该文件中，并增加文件第一个的整数即可。有时候可以将该文件拷贝到当前工作文件夹进行编辑，以不影响其他计算的命名（GMX的文件搜索总是从当前目录开始的。）

gromacs(GMX) 各种文件格式详细，可以查阅 GROMACS 手册第5章第6小节，以下为简要介绍。 CPT文件：该文件为模拟断点文件（check point，.cpt）。该文件为模拟过程固定时间间隔产生，

又离开上海了，小城生活开始。要在一个新的地方开始生活，其实是要选择一种新的态度。 离开上海前，新旧朋友狂吃了好几天的饭，然后上火感冒，像是甲流来袭。南德国的天气，初冬绵雨不断。好想一直呆在被窝里面，睡一个不知道觉醒的觉。但是，天还是亮了。 一大早，大姐抱来两本厚厚的软物质，说好贵的书，给我的。大部头，真的可以砸死自己。貌似年龄也真的大了，看见新书已经不再像以往那样激动。看着书本开始发呆，这一天要做的事情：给研究生院的财务要钱，给大学写一封不知所云的邮件，看看医疗保险，修改论文，

Null Data

GMX 分子模拟，有一个非常重要的能量输出文件，即 edr 文件。eneconv 就是对 GMX 能量输出文件进行处理的程序。 一 个模拟可以分对次进行，于是得到很多 edr 文件。使用 eneconv 的 “ -f ” 参数，然后把这些能量文件罗列出来，那么就可以对这些能量文件进行合并，输出一个完整的能量文件。如果另个能量文件中有重复的模拟步骤，那么后一个读入的 能量文件将覆盖前一个文件。也可以使用 “-settime” 参数对每一个输入文件的开始

editconf 是 GMX 最重要的程序之一。 它的主要功能是对系统结构进行编辑，同时它也把系统结构文件保存或者转换到不同的文件格式中，如 gro、g96、pdb 文件等。 在 分子动力学模拟中，通常给模拟系统添加一个模拟盒子（周期性的盒子，原子从这边出去了，就从那边进来，通俗吧）。 editconf 使用 “ -box ”、“ -d ” 和 “ -angle ” 等参数对模拟系统的盒子进行设定。在为系统设定盒子的时候，“ -box ” 和 “ -d ” 都把系统放置在盒子的中间，除非 editconf

朗格文动力学 ( Langevin Dynamics ) 是控制模拟系统能量的一种常用算法，在多种分子模拟软件中都可以看到。 分子模拟在一定的系综下进行，所以要保持系统状态不变，比如控制系统温度，压强等。由于计算机不是百分百精准，微小的误差在长时间的模拟过程中可能被不停积累和放大，于是需要不同的方法对系统进行不停调整。这些调整的方法有很多，比如 Berendersen, Nose-hoover, Langevin。 模拟系统中的原子受到起周围原子相互作用力，依据所受作用力根据牛顿第二定律运动。朗格文动力学的实现方法是

本程序调用第三发软件 DSSP，从轨迹文件中读出蛋白质的二级结构信息。要使用该程序，必先安装好 DSSP 软件（恩，用 google 或者 baidu 小搜一下）。安装 DSSP 完毕后(/home/user/soft/bin/dssp)，在 shell 中定义 DSSP 变量： setenv DSSP /home/user/soft/bin/dssp 如果使用 bash，则 export DSSP='/home/user/soft/bin/dssp'。可以该变量直接加到 shell 的配置文件中。 程序输出文件为 .xpm 文件，该文件其实是一个文本文件，可以一般文本编辑器打开。文件中用不同字

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