GMX 分子模拟，有一个非常重要的能量输出文件，即 edr 文件。eneconv 就是对 GMX 能量输出文件进行处理的程序。

editconf 是 GMX 最重要的程序之一。 它的主要功能是对系统结构进行编辑，同时它也把系统结构文件保存或者转换到不同的文件格式中，如 gro、g96、pdb 文件等。

在 分子动力学模拟中，通常给模拟系统添加一个模拟盒子（周期性的盒子，原子从这边出去了，就从那边进来，通俗吧）。 editconf 使用 “ -box ”、“ -d ” 和 “ -angle ” 等参数对模拟系统的盒子进行设定。在为系统设定盒子的时候，“ -box ” 和 “ -d ” 都把系统放置在盒子的中间，除非 editconf

朗格文动力学 ( Langevin Dynamics ) 是控制模拟系统能量的一种常用算法，在多种分子模拟软件中都可以看到。

分子模拟在一定的系综下进行，所以要保持系统状态不变，比如控制系统温度，压强等。由于计算机不是百分百精准，微小的误差在长时间的模拟过程中可能被不停积累和放大，于是需要不同的方法对系统进行不停调整。这些调整的方法有很多，比如 Berendersen, Nose-hoover, Langevin。

模拟系统中的原子受到起周围原子相互作用力，依据所受作用力根据牛顿第二定律运动。朗格文动力学的实现方法是

本程序调用第三发软件 DSSP，从轨迹文件中读出蛋白质的二级结构信息。要使用该程序，必先安装好 DSSP 软件（恩，用 google 或者 baidu 小搜一下）。安装 DSSP 完毕后(/home/user/soft/bin/dssp)，在 shell 中定义 DSSP 变量：

setenv DSSP /home/user/soft/bin/dssp

如果使用 bash，则 export DSSP='/home/user/soft/bin/dssp'。可以该变量直接加到 shell 的配置文件中。

程序输出文件为 .xpm 文件，该文件其实是一个文本文件，可以一般文本编辑器打开。文件中用不同字

anadock 是一个分析分子对接（docking）软件 Autodock 计算结果的程序，其作用是根据距离或者 RMSD 对分子对接结果的分子结构进行归簇，然后依据分子对接能量和自由能，并进行统计和输出。（本人没有用过 AutoDock，只用过 Dock，故不作任何评论。）

对分子结构进行归簇，Gromacs 也提供 g_cluster 程序，故可以使用该程序对结构进行提前归簇在计算能量，同样可以达到目的。

程序输入输出文件：
-----------------------
-f :
输入文件，PDB 文件格式。

在分子模拟中，这两个词都表示限制，但是意义不同。通俗点讲，受到 Restraint 的分子或原子原则上可以运动；受到 Constraint 的分子原子原则上不能运动。

Restraint 通常的实现方法是给目标施加一个弹性势能，当目标偏离平衡位置时，弹性势能使目标恢复到平衡位置。Constraint 则直接使目标固定住，则施加无限大的弹性势能。

在 MD 软件如Gromacs中，Restraint 定义的弹性势能直接施加到指定原子上，并在 pores.itp 文件中列出。当 MDP （Molecular Dynamics Parameters) 文件使用关键字 “define = -DPOSRES

根据GMX手册预告，所有GMX的程序都有6个标准参数，其中有的是隐藏的（参数太多，吓死人）。此六个参数及其作用罗列如下：

-h :
在屏幕上打印该GMX程序的帮助信息，并退出程序。就是不使用这个参数，任何GMX程序运行时，都会打印很多信息，包括GMX的软件消息，简短的协议，还有各个参数的输入等。

-hidden :
打印隐藏的命令参数。

-quiet :
打印尽可能少的信息，所有参数输出被忽略，所以很quiet。

-man :

好久没有更新博客，写关于模拟东西了，因为非常忙（同时也是比较懒）。好怀念大学时代，无忧无虑跑MD的日子。

最近收到不少邮件，都是关于某一个MD工具使用方法的。我不是不乐意回答这些问题，其实我十分乐意与任何人讨论MD模拟的任何事情。我觉得这些问题发给MD模拟软件的邮件列表会更好，很多人可以看到，同时还可以学到很多东西。还有，还可以试试Google老师，Wiki老师等。

大家加油！

半年了，不管怎么样，我又杀回来了，上海。。。