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Beginning perl for bioinformatic 推荐大家一本好书

2010-01-13 19:22

这本书对一些有编程经验的人来说，应该来说很简单的，特别是学过语言（如C Java),上手很快。

如果看过小骆驼的话，那就更加容易了，小骆驼的书比较全面的介绍了perl的语法及perl的各种有趣的东西，而Beginning perl for bioinformatic把PERL 擅长操作字符串的特性发挥到了淋漓尽致。总的来说，这本书实用性满强的，书中有大量的处理生物数据的程序实例，已经非常全面了，基本上能够满足我们的要求，如果心有余力，还有姊妹篇-Mastering Perl for Bioinformat

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类别：Perl | 评论(0) | 浏览()

perl文件操作符

2010-01-10 20:36

-r 文件或目录可读
-w 文件或目录可写
-x 文件或目录执行
-o 文件或目录归用户所有
-R 文件或目录对真正用户可读
-W 文件或目录对真正用户可写
-X 文件或目录对真正用户执行
-O 文件或目录归真正用户所有
-e 文件或目录存在
-z 文件存在且大小为0
-s 文件或目录存在且不为0(返回字节数)
-f 文件为普通文件
-d 文件为目录
-l 文件为符号链接
-p 文件为命名管道(FIFO)
-S 文件为一个套口(socket)
-b 文件为块特殊文件
-c 文件为字符特殊文件

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类别：Perl | 评论(0) | 浏览()

拿到DNA序列之后，生物信息学工具做哪些事呢？

2009-12-22 19:02

首先，要检查序列是否被污染。这是因为测序的过程包括纯化、克隆到载体、在宿主体内扩增、按照众多protocol中的一种（如primer extension）测序。可以看出目标DNA有被污染的可能。可能来自所用载体，也可能来自其他人所用载体的交叉污染。检查的简单方法是搜索目标序列和所有载体有没有相似序列。只需用NCBI的VecScreen（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecScreen.html）就可实现。它实质上是对目标DNA序列和所有载体序列做BL

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类别：默认分类 | 评论(0) | 浏览()

终于可以坦然面对

2009-02-15 23:54

.........

类别：生活 | 评论(1) | 浏览()

清净篇

2008-08-09 09:14

老君曰：大道无形，生育天地；大道无情，运行日月；大道无名，长养万物；吾不知其名，强名曰道。夫道者：有清有浊，有动有静；天清地浊，天动地静。男清女浊，男动女静。降本流末，而生万物。清者浊之源，动者静之基。人能常清静，天地悉皆归。夫人神好清，而心扰之；人心好静，而欲牵之。常能遣其欲，而心自静，澄其心而神自清。自然六欲不生，三毒消灭。所以不能者，为心未澄，欲未遣也。能遣之者，内观其心，心无其心；外观其形，形无其形；远观其物，物无其物。三者既悟，唯见於空

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类别：国学 | 评论(1) | 浏览()

《科学》：新型单分子DNA测序仪研制成功

2008-04-18 22:34

新发现朝1000美元/人的宏伟基因组测序计划迈近了坚实一步

美国Helicos BioSciences公司研究人员近日称，他们开发出了一种新型的测序设备——单分子DNA测序仪（single-molecule DNA sequencers）。该仪器能够“阅读”单分子DNA的单个碱基。相关研究文章发表在4月4日的《科学》（Science）上。

传统上，在测序之前，要先对DNA链进行扩增。这一过程往往会引入错误，并且对某些DNA片断来说无法很好地实现，从而使得对整个基因组进行测序变得尤为困难。

Helicos BioSciences公司以病毒M13为

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类别：生物未来 | 评论(1) | 浏览()

生物信息学——促动BT与IT双赢

2008-04-14 19:40

无论是与结构基因组学对应的“基因时代”，还是与功能基因组学、蛋白质组学相应的“后基因时代”；无论你称呼21世纪是“信息时代”、“后信息时代”，还是“生物时代”，所有这一切，都将BT(生物技术)与IT(信息技术)紧密结合起来。而这其中，无疑“

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类别：生物信息学 | 评论(0) | 浏览()

生物信息学的发展现状和展望

2008-04-14 19:37

一、什么是生物信息学：
1．人类基因组计划与生物信息学
人类基因组计划（Human Genome Project,简称HGP）是美国科学家在1985年率先提出的，其目的在于阐明人类基因组DNA3×109核苷酸序列，破译人类全部遗传信息，HGP于1990年正式启动。随着HGP产生的数据爆炸，一门新兴学科----生物信息学应运而生。生物信息学是以计算机为主要工具，开发各种软件，对日益增长的DNA和蛋白质的序列和结构等相关信息进行收集、储存、发行、提取、加工、分析和研究，同时建立理论

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类别：生物信息学 | 评论(0) | 浏览()

乔布斯斯坦福演讲 Stay hungry, stay foolish.

2008-04-12 14:52

I am honored to be with you today at your commencement from one of the finest universities in the world. I never graduated from college. Truth be told, this is the closest I've ever gotten to a college graduation. Today I want to tell you three stories from my life. That's it. No big deal. Just three stories.

The first story is about connecting the dots.

I dropped out of Reed College after the first 6 months, but then stayed around as a drop-in for another 18 months or so b

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类别：生活 | 评论(1) | 浏览()

Linux必学的60个命令

2008-04-06 19:30

Linux提供了大量的命令，利用它可以有效地完成大量的工
作，如磁盘操作、文件存取、目录操作、进程管理、文件权限设定等。所以，在Linux系统上工作离不开使用系统提供的命令。要想真正理解Linux系统，
就必须从Linux命令学起，通过基础的命令学习可以进一步理解Linux系统。
不同Linux发行版的命令数量不一样，但Linux发行版本最少的命令也有200多个。这里笔者把比较重要和使用频率最多的命令，按照它们在系统中的作用分成下面六个部分一一介绍。
◆ 安装和

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类别：Linux | 评论(0) | 浏览()