eMap
eMapCore
eMapObject GIS组件
eMap Web GIS 平台
EDA软件ADS 2006A
Directsoft5 编程软件
splus7.06
Kubotek.KeyCreator.v5.5.中文版
Elanix SystemView v5.025
经纬鞋样软件6.4
清华天河TH PCCAD2006
MIDAS GEN 6.91 建筑结构分析软件
NeuralWorks_Professional_II/PLUS_V_5.5类神经网络发展系统软件
利驰成套电器报价系统winner2004软件
StereoNett V2.45
飞箭高性能计算软件pFEPG
Fnt3DTools法恩特三维标准件库
cass7.0 for autocad2006
Matlab 2006b
Valor enterpris3000 7.2.4
Kuka SIM pro v1.1(一款KUKA机器人离线设计工具)
FTI Fastform Advanced v10.3
Analytical Graphics STK Pro(Satellite Tool Kit) 8.0虚拟现实软件专业版
STK/Programmer's Library(PL)
Analytic Graphics STK ArcInc Basic Globe (1km的地球影像地形纹理库)
Analytic Graphics STK 地图地形数据 3CD   
eSuperMap5.02
ATMatrix空中三角形
MAPMatrix2006摄影测量系统
winqsb软件
rsoft7.0整合薄膜滤波器设计软件
Orima v8.72
Socet Set v5.3 (数字摄影测量软件)
盾构隧道设计与分析软件MOLEMAN-i
电子线散乱 模拟软件VS-M/EB
三次元蚀刻法形状模拟软件MICROCAD
OptiBPM OptiGrating OptiFiber
OptiHS OptiFDTD OptiSystem
OptiSystem-Amplifier Edition OptiPlanner OptiPerformer
Lahey/Fortran V7.1 for Window
SAS船舶设计系统软件
Compass船舶设计系统软件
大洋非编软件D3－EDIT 3000
大洋非编软件D3－EDIT 5000
大洋非编软件D3－EDIT 8000
S+FinMetrics2.0(S+FinMetrics提供了先进的时间序列分析软件)
D3-Edit 非线性编辑桌面产品
MagicSet II真三维虚拟演播室制作系统
D3-Info 多区域动态资讯播出系统
Terra Vista 5.1 (先进的3D地型形成系统)
模型转换PolyTrans软件
实时三维视景管理软件VTree软件
仿真工具Vega3.7软件
视景建模Multigen软件
HLA仿真建模平台软件
BDI DI-Guy人物仿真软件
三维地形建模Terra Vista软件
HLA仿真调度工具软件
Multigen 仿真软件
Sysload 系统性能管理软件
prognosis 系统监控管理软件
Multigen/VegaPrime 仿真软件
HLA 仿真调度软件
PCB自动开料系统 5.3
PCI Geomatics 10.0
杰图造景师5.0
杰图漫游大师1.25
杰图造型师
RiverTools软件
ENVI/IDL软件
PCI Geomatica 10.0 (遥感,测量,GIS)
CAXAV5D
ArcGIS Desktop Developer Kit 9.1 (ArcGIS 9.1 开发包)
JSL-BrgCal桥梁综合设计计算程序
xilinx foundation series 6.3
DATA_ANALYSIS_AND_STATISTICAL_COMPUTATION(DASC)数据分析软件
Ansoft.Serenade.Densign.Environment.v8.71 (射频微波、电路设计软件)
MATLAB Product Family Simulink Product Family
MATLAB 7.1
Ansoft Rmxprt 多类型电机设计软件
Bioinformatics Toolbox 2.1.1
Communications Toolbox 3.2
Control System Toolbox 6.2.1
Curve Fitting Toolbox 1.1.4
Data Acquisition Toolbox 2.7
Database Toolbox 3.1
Datafeed Toolbox 1.7
Distributed Computing Toolbox 1.0.2
Excel Link 2.3
Extended Symbolic Math Toolbox 3.1.3
Filter Design HDL Coder 1.3
Filter Design Toolbox 3.3
Financial Time Series Toolbox 2.2
Financial Toolbox 2.5
Fixed-Income Toolbox 1.1.1
Fixed-Point Toolbox 1.3
Fuzzy Logic Toolbox 2.2.2
GARCH Toolbox 2.1
Image Acquisition Toolbox 1.9
Image Processing Toolbox 5.1
Instrument Control Toolbox 2.3
Link for Code Composer Studio 1.4.2
Link for ModelSim 1.4
Mapping Toolbox 2.2
MATLAB Builder for COM 1.1.5
MATLAB Builder for Excel 1.2.5
MATLAB Compiler 4.3
MATLAB Distributed Computing Engine 1.0.2
MATLAB Report Generator 2.3.1
Model Predictive Control Toolbox 2.2.1
Neural Network Toolbox 4.0.6
OPC Toolbox 2.0.1
Optimization Toolbox 3.0.3
Partial Differential Equation Toolbox 1.0.7
RF Toolbox 1.2
Robust Control Toolbox 3.0.2
Signal Processing Toolbox 6.4
Spline Toolbox 3.2.2
Statistics Toolbox 5.1
Symbolic Math Toolbox 3.1.3
System Identification Toolbox 6.1.2
Wavelet Toolbox 3.0.3   Simulink 6.3
Aerospace Blockset 2.0.1
CDMA Reference Blockset 1.1.1
Communications Blockset 3.2
Embedded Target for Infineon C166 Microcontrollers 1.2.1
Embedded Target for Motorola HC12 1.1.3
Embedded Target for Motorola MPC555 2.0.3
Embedded Target for OSEK/VDX 1.1.3
Embedded Target for TI C2000 DSP 1.3
Embedded Target for TI C6000 DSP 2.4
Gauges Blockset 2.0.2
Real-Time Windows Target 2.6
Real-Time Workshop 6.3
Real-Time Workshop Embedded Coder 4.3
RF Blockset 1.2
Signal Processing Blockset 6.2
SimDriveline 1.1.1
SimMechanics 2.3
SimPowerSystems 4.1.1
Simulink Accelerator 6.3
Simulink Control Design 1.3
Simulink Fixed Point 5.1.2
Simulink Parameter Estimation 1.1.2
Simulink Report Generator 2.3.1
Simulink Response Optimization 2.3
Simulink Verification and Validation 1.1.1
Stateflow 6.3
Stateflow Coder 6.3
Video and Image Processing Blockset 1.2
Virtual Reality Toolbox 4.2.1
xPC Target 2.8
xPC Target Embedded Option 2.8
Mantis仿真驱动软件
skylinesoft skyline软件
DP-Std V1.80 SQL&ACCESS_PAL_CHS
D3-Edit V2.20.6.4.7
Ansys AI Enviroment v2.0
清华怀远汽修汽配系统
Design.Data.SDS2.v7.0
ArcView GIS 3.3
冲压模具设计软件金博士EXCESS EVOLUTION2.1
易普KD衣柜设计软件
专业生物和药物软化模拟软件SYBYL7.3
WONDERFUL生物信息学软件
RASMOL 2.7.3.1
RasTop 2.1
MolMol 2k.2
CrystInfo 1.0
DS ViewerPro 6.0 trail
ICM-Browser 3.4-8b
VMD 1.84
CN3D 4.1
WPDB 2.2
DTMM 4.2
gopenmol 3.0
POV-Ray 3.7b14
MegaPov 1.2.1
Mol2Mol 5.5.0
MolPOV 2.0.8
PovChem 2.1.1
Ortep-3 1.08
PWT(PLATON for Windows Taskbar) 1.09
Mage 6.44
Prekin 6.42
KiNG 1.5
Swiss-PdbViewer 3.7 sp5
StrukEd
JMVC 4 041122版
Re_View 1.0
Oscail X 2006
Moilin X 2006
Tinker 4.2
Biodesigner 0.75
MoluCAD
Viewer Activex Control 5.0
ACD/3D Viewer for ISIS 4.5
PyMOL 0.99
Qmol 3.01
Protein Explorer 2.79B
WinMGM 2.0b
Chimera 1.2199
Jmol v10.2
Ramachandran Plot Explorer 0.9
ProteinScope LE 1.0.5
CHIME 2.6 SP6
YASARA View 6.7.15
NOC 2.0.1.12
3DNA 1.5
ArgusLab 4.0.1
CueMol 1.1.0.161
MOLDA 6.5 r2
KVizPro
jimp 2 0.091
SweetMollyGrace 1.2
Facio 10.3.1
VEGA ZZ 2.0.6
PDBlib 2.2
IS 0.773
jambw 1.1
AnnHyb v.4.935
Chromas 2.31
Chromas lite 2.01
DNAProbe
DnaSP 4.10.7
DFW 2.21 DNA for Windows
Artemis R8 Artemis
ACT R5
GDA 1.1
RDP 1.09 recombination detecting program
Sequencher 4.7
MeltCalc
MeltCalc 2.0
ConsInspector 3.3
GBuilder 1.23
GenomePixelizer 2003.10.1版
LabBook Genomic XML Viewer 3.3.0.41
GenescanView1.2 4
GenescanView1.2 8
Pyxis 2.0
Sequin 6.25
DNAuser 1.0
DNA Tool 6.0.122
Gene Construction Kit 2.5
GenomeComp 1.3
Apollo 1.6.4
SNPHunter 1.73
SSRHunter 1.3
iCE 3.5 。
MB6.82
FinchTV 1.4
Sequence Scanner v1.0
CodonCode Aligner 1.5.2
WinGene 2.31
BioLign 4.0.6
RNA draw 1.1
RNAstructure 4.2
RnaViz 2.0
loopDloop 2.07b
Circles 0.1.0
SStructView 1.2
Vienna RNA Package
XRNA1.1.12b
STAR Demo RNA结构分析软件
PseudoViewer 3.0 RNA二级结构显示软件
OligoEngine RNAi设计软件。
KineViewer
pknotsRG 1.2 预测RNA二级结构软件
RNAshapes 2.1.1 分析RNA二级结构软件
miRanda 1.0b
RNAz 0.1.1 预测结构保守热稳定RNA结构
RnaFamily
RNApasta 040305
siDirect siRNA在线设计软件
tRNAscan-SE 1.21
AnthePro 5.0
PSAAM 蛋白质序列分析软件包
VHMPT VHMPT（Viewer and editor for Helical Membrane Protein Topologies）
MPEx 3.0 （Membrane Protein Explorer）
Osprey 1.2.0 蛋白质相互作用网络可视化系统
PIN 2.0 protein-protein Interaction Networks
InterViewer 4.0 显示和分析蛋白交互作用软件
Fiter 1.0
GPMAW 6.0
STORM 1.01
PIVOT 2.0
WinPep3.01 分析蛋白序列的工具软件
PAT 0.9
SuperPro Designer 6.0
BioProSim 4.0
PenSim v2.0
BioStat 4.3
BRD
Primer Premier 5.0
Oligo 6.71
Primer D'Signer 1.1
Array Designer 4.12
Beacon Designer 5.10
NetPrimer
TGGE-STAR DOS软件
e-PCR2.3.1
FastPCR 3.9
OligoMaster 1.0.134 多
PerlPrimer v1.1.10
AmplifX 1.37
AutoDimer 1.0        
DNAWorks 2.4
The Primer Generator 在线引物设计程序
Primer 3 比较有名的在线引物设计程序
E-PCR 查找DNA序列的STSs(sequence tagged sites序列标签位点）的在线工具软件
Primo Pro 3.4 在线PCR引物设计java系列软件
Web Primer 斯坦福大学提供的在线引物设计软件
AutoPrime 快速设计真核表达实时定量PCR引物在线软件
Phylip 3.65
TreeView 1.6.6
GeneTree 1.3
NDE 0.5.0
TreeMap 1.0
Spectrum
Phyltools 1.32
tree-puzzle 5.2
ATV 1.92
TREECON 1.3b
ProBiosys 0.9
COMPONENT 2.0
NJplot
MEGA 3.1
TreeSAAP 3.2 (Selection on Amino Acid Properties的缩写)
mesquite 1.11 进化分析软件，
PAL 1.5 Phylogenetic Analysis Library
Vanilla 1.2
SplitsTree 4.5
TCS 1.21
GEODIS 2.5
RDP 2b08
FastME 1.0
REAP DOS下的进化分析软件
genecontent 1.0.2
T-REX 4.01
FSTAT 2.9.3.2
ProfDist 0.9.6
STC 1.2
SymmeTREE
PVT Phylogenetic Visualization tool
TREEFINDER 200605版
PHASE 2.0b PHylogenetics And Sequence Evolution的缩写
BAMBE 2.01b Bayesian Analysis in Molecular Biology and Evolution的缩写
MODELTEST 3.7
MTgui 1.5
Clann 3.02 以
Phylogenetic Independence 2.0
Jevtrace2 v3.12b
NimbleTree 2.6
Phyl-O-Gen 1.1
BEAST 1.3
MESA 1.9.23
TreeJuxtaposer 2.0
TreeExplorer 2.12
TreeMe 12/2005
DNATREE 1.2
Genie 3.0 (Genealogy Interval Explorer)
Gaussian03 从头计算，密度泛函，半经验，QM/MM，分子动力学，分子，溶剂，周期体系
ADF 2005 密度泛函，分子，溶剂，周期体系，图形用户界面
AcuraHU Ckel 计算电子分子轨道和有机分子中的能级的一个量子化学程序，使用的理论为Hückel半经验分子轨道理论
ADF 2005 密度泛函，分子，溶剂，周期体系，图形用户界面
AIM2000 图形界面软件。用于显示分子中原子的属性
AMSOL 半经验方法，溶剂，图形用户界面
COSMOtherm 溶剂混合物热动力学定量计算的程序
MOLCAS 从头计算，密度泛函，分子力学
MOLPRO 国际上广泛使用的专业级电子结构量化计算软件
GAMESS 从头计算，密度泛函，半经验方法，QM/MM
GAMESS-UK 从头计算，密度泛函，半经验方法，QM/MM
TICRA GRASP9 卫星天线分析设计以及仿真软件
MOPAC MOPAC是世界上最广泛使用的半经验量化程序，用于研究气体，溶液和固体的化学特性
NBO 自然键轨道分析程序
Orbdraw 轨道显示
PQS 并行量化计算软件
Q-chem 电子结构从头计算程序，可以对分子的基态和激发态进行第一定律计算,密度泛函，分子，溶剂
Thermo-Calc(company 5) 热力学和扩散学研究
ZOA 显示和创建分子模型的工具
ACES II 用“多体”方法处理电子相关，包括多体微扰理论和多体耦合簇方法，更适合于研究化学反应
Alchemy 半经验方法，分子力学，图形用户界面
AOMIX 用于电子分布分析的程序
Vibrate 显示简正振动模式
PCMODEL 图形界面程序
PiSystems 量子化学程序
RedS 量子化学程序的计算结果分析
STOBe 用密度泛函理论求解分子和原子团簇的电子态、光谱以及特性
Tripos Sybyl 专业分子模拟环境
ChemOffice 世界上应用最广泛的化学办公软件
Amber 程序套件集合的名称，用于分子(特别是生物分子)的动力学模拟
Bioalma(company 2)  
BioMedCAChe 生物化学和药物化学的计算机辅助化学软件包
BOSS 生物化学和有机仿真系统
CHARMm 被广泛承认并应用的模拟程序
CODESSA 计算电子分子轨道和有机分子中的能级的一个量子化学程序，使用的理论为Hückel半经验分子轨道理论
CONFLEX 用于完整地搜索柔性分子稳定的构象空间
DELPHI 通用的进行Poisson-Boltzmann静电模拟的程序
Divcon 线性标度半经验量子力学软件
FUJITSU CAChe 药物设计，半经验方法，图形用户界面环境，生物分子
GROMOS 分子体系动力学建模
Hyperchem 优秀的教学软件，优秀的分子模拟软件
Local SCF 超大蛋白质体系的量子力学模拟
MCPRO 使用蒙特卡罗统计力学模拟气相或溶液中的缩氨酸、蛋白质和核酸
PRIMER PRIMER 一个综合的引物设计工具，该软件就是用来进行引物设计的
SPARTAN 图形界面的量子化学从头计算程序
ToxSYS 毒物学信息系统
Tripos Sybyl 专业分子模拟环境
Ward System Group(company 8) 利用高级的中枢网和遗传算法进行广泛运算
Materials Explorer 强大多功能分子动力学软件系统
ADF-Band 周期性体系研究
AMPAC 半经验量子力学程序，计算速度快。它包含图形用户界面，可以构造分子和图形显示全部计算结果
CHEMCAD 流程模拟软件
CRYSTAL CRYSTAL是研究晶态固体的最流行程序之一；　密度泛函，周期体系
EQS4WIN 处理很多平衡问题,“反应输入数据”,“化学计算限定”和“平衡常数”等
EMBED 从头LCAO-HF程序
FPLO 求解规则格子的Kohn-Sham方程,可以对包含一百个过渡金属原子的晶胞进行高精度的完全势计算
JCrystal 晶体模型显示
KINTECH CARAT-MB 多个化学领域的反应速率常数的计算和反应机理的构建
KINTECH chemistry workbench 一个完全整合的、易于使用的仿真软件工具包
KINTECH--Khimera 原子模拟工具，研究和分析化学过程
Materials Explorer 强大多功能分子动力学软件系统
Mede A 研究晶体结构的统一Windows图形环境
NMR-SCAPE NMR-SCAPE 经验丰富的碳谱(碳分布)预测引擎
Orient 针对相互作用分子的集合进行不同种类计算
PHONON 晶体，声子
superPro Designer 专业环境处理的得力工具
Topix 计算结构描述符的程序
VASP 进行从头量子力学分子动力学计算的软件包
Wien2k 用密度泛函理论计算固体的电子结构
CrystalMaker 创建、显示和操作各种晶体和分子结构
CAMO(company 2) 多元统计学软件
CSD 剑桥结构数据库
ACD labs 将化学结构与分析化学信息进行有效结合、进而产生全面分析化学管理系统
CAMO(company 2) 多元变量统计领域的软件先驱
CRYSTMET 无机材料数据库，包含化学、晶体图解和文献目录数据 以及与每个研究项目有关的实验细节的相关内容
GaBi4 辅助电子业进行生命周期评估（LCA）分析之工具
GhostMiner 来自于富士通公司的高级数据管理工具
HSC Chemistry 世界上使用最广泛的热化学计算应用软件
Hyperquad2006 从pH 值和吸光率计算平衡常数
JCE software(company)  
Model Chemlab 交互式的化学实验模拟工具