对于国民党候选人马英九高票当选台湾总统，台湾问题专家指出，未来两岸关系有望进入一个相对和缓期，但两岸关系发展并非就此一帆风顺，未来仍将面临诸多变量，对两岸关系过分预期并不恰当。

　　香港《文汇报》转引中国社会科学院台湾史研究中心研究员褚静涛认为，马英九5月上台后，工作重心将会集中放在台湾岛内，力求化解岛内长期存在的 政治冲突，帮助台湾走出目前面临经济困境。在两岸关系上，相信马英九会采取冷处理手法，会在不使两岸对峙加剧，维持现状的基础上推动两岸“三通”，特别是 两岸直航，但在两岸关系的其它领域就未必会立刻采取实际行动。

　　岛内冲突不会很快化解

　　褚静涛表示，应客观冷静地看待马英九的当选，对其当选后的两岸关系过分预期并不恰当。他说，两岸关系不太可能马上缓和，民进党的基本盘并没有变，岛内固有的冲突也不会很快化解掉，未来两岸关系发展可能仍会面临诸多变量，但相信马英九当选后，两岸关系的大局可以稳住。

　　台盟中央政策研究会委员潘新洋表示，马英九的当选对两岸的和平发展具有正面积极作用，在某种意义上讲，为两岸关系的发展提供了一新的发展机遇，未来两岸关系有望由之前的因“入联公投”等“台独”挑衅行为导致的紧张期进入一个相对的和缓期。

　　“法理台独”可能性消除

　　对选后的两岸关系，中国社科院台湾研究所研究员王建民表示，马英九的上台标志着陈水扁“法理台独”可能性的消除，对两岸关系的发展是一个利好。他认为，未来两岸关系有望走向经济、文化先行，政治、和平跟进的良好新局面。